樹皮は暗褐色で滑らかですが、わずかにざらついた質感があります。樹皮や材を含め全体に強い苦味があり、生薬や殺虫剤として利用されてきたことが「ニガキ」の由来です。
葉は奇数羽状複葉で互生します。同じ奇数羽状複葉のヤマハゼやヌルデの葉も互生しますが、ニワトコやゴンズイの葉は対生するため、識別のポイントになります。
小葉は4～6対あります。形は卵状長楕円形で、先端は尖り、基部はくさび形、縁には細鋸歯があります。ヤマハゼも互生しますが、小葉の縁は全縁のため識別できます。
枝先にはすでに冬芽が形成されていました。裸芽で赤褐色の毛に覆われており、何かを握っているような独特の形をしています。すぐ下には側芽も見られました。
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